Около четверти века провел он, служа в разных острогах Сибири и Дальнего Востока. Был приказчиком анадырского зимовья. В 1659 году совершил трудный переход от Анадыря на Колыму, везя «костяную казну» — собранную им на побережье моржовую кость, или, как ее тогда называли, «рыбий зуб». В 1661 году он плавал по Ледовитому океану от Колымы до Лены. Только дважды за все это время был Дежнев в Москве по служебным делам. Сами поездки в столицу через всю Сибирь, за тысячи километров, в те годы были очень тяжелы. Они продолжались много месяцев.
Дежнев сильно бедствовал. Полагающегося ему скромного жалованья он не получал целых 19 лет! Поиски «новых землиц» вел он на свои скудные личные средства. Об этом Дежнев рассказывает в своей «челобитной»: «А поднимался я, холоп твой, на ту твою великого государя службу, на те новые реки своими деньгами… а жалованье мне, холопу твоему, денежного и хлебново и соляново со 151 году по 170 год (то есть с 1644 по 1663 год) ничего не дано».
Наконец жалованье было выплачено и заслуги Дежнева признаны. Его даже значительно повысили в чине— он стал казачьим атаманом. Смелый, энергичный, необыкновенно честный, Дежнев резко отличался от многих больших и малых сибирских начальников часто предававших интересы родины во имя своей корысти и наживы.
Умер Дежнев в начале 1673 года, во время своего второго пребывания в Москве.
В 1948 году советская общественность тепло отметила 300-летие со дня плавания Дежнева и Попова.
Географическое общество Советского Союза учредило премию имени Дежнева, которая присуждается советским ученым за лучшие научные исследования Сибири.
Русский коч в изображении тунгусов. XVII век.